Die Geschichte des Ortes Elsten ist eng mit der Geschichte der Nachbargemeinden, insbesondere des Kirchspiels Cappeln, verknüpft. Im Mittelalter gehörte das heutige Oldenburger Münsterland zum Bistum Osnabrück und 1217 beurkundete Bernardus de Elseten mit drei anderen Zeugen aus dem Kirchspiel Cappeln, dass Bischof Adolf weiterhin das Recht gewährt, den Pfarrer selbst zu wählen. Es ist gleichzeitig die erste Erwähnung des Ortes Elsten.

Vom Mittelalter bis zum 30–jährigen Krieg hat es in Elsten eine kleine Kapelle gegeben. Auf dem Esch, in der Nähe des Meyerhofes gelegen, war es aus Fachwerk mit Lehmwänden gebaut. Aus Visitationsberichten geht hervor, dass die letzte Kapelle im 30-jährigen Krieg zerstört wurde.

Jahrhundertlang war das Dorf Warnstedt zweigeteilt, einige Einwohner gehörten zur Kirchengemeinde St. Bartholomäus Essen und andere zu St. Andreas Krapendorf (heute Cloppenburg). Im Jahre 1854 wurde Warnstedt geeint und politisch und kirchlich Krapendorf zugeordnet. Wegen des weiten Weges nach Krapendorf entstand der Wunsch für eine eigene Kirche. Die Einwohner von Elsten strebten ebenfalls eine Kirche im Dorf an. Nach vielem Hin und Her, Verhandlungen mit St. Andreas Krapendorf-Cloppenburg und St. Peter und Paul Cappeln durften Elsten und Warnstedt eine gemeinsame Kapellengemeinde gründen. Zwischen den beiden Dörfern wurde 1889 das erste Gotteshaus auf einem Grundstück des Zellers Quatmann gebaut. Von nun an konnten die Gläubigen vor Ort an sonn -und feiertäglichen Gottesdiensten teilnehmen.

Schon nach kurzer Zeit war die Kirche nicht mehr groß genug. Es wurde die heutige Kirche errichtet, die is heute als helle neugotische Kirche mit geschmackvoller Einrichtung zu Gebet und Gottesdienst einlädt. Am 1. September 1926 wurden Elsten, Warnstedt und der Ortsteil Wißmühlen zur Pfarrei St. Franziskus v. Assisi zu Elsten erhoben. Anfang der 1990er Jahre wurde noch der große Kirchturm angebaut und damit das Bauwerk komplettiert.